L'E.N.M. a été créée en 1958 sous l'appellation de centre national d'études judiciaires. La dénomination actuelle a été adoptée en 1970. L'École a pour mission d'assurer la formation professionnelle des "auditeurs de justice" (c'est le nom des élèves) et d'organiser la formation continue des magistrats français. 

Elle contribue en outre à la formation initiale et continue des magistrats étrangers. L'E.N.M. a son siège à Bordeaux où se déroule principalement son activité de recrutement et de formation des futurs magistrats.

Elle dispose également d'une antenne parisienne où sont notamment implantés la direction de la formation continue et les relations internationales.